硬碟以带有超精细过滤纸的呼吸孔与外界相通，它可以在普通无净化装置的室内环境中使用，若在灰尘严重的环境下，会被吸附到 PCBA 的表面、主轴电机的内部以及堵塞呼吸过滤器，因此必须特别注重防尘。 还有环境潮湿、电压不稳定都可能导致硬碟损坏。
硬碟在工作时突然关闭电源，可能会导致磁头与盘片猛烈磨擦而损坏硬碟，还会使磁头不能正确复位而造成硬碟的划伤。关机时一定要注意面板上的硬碟指示灯是否还在闪烁，只有当硬碟指示灯停止闪烁、硬碟结束读写后方可关机。如果可以，使用不断电系统(UPS)来防止电压不稳或停电是我们建议您的做法。
移动硬碟时最好等待关机十几秒硬碟完全停转后再进行。在开机时硬碟高速转动，轻轻的震动都可能碟片与读写头相互磨擦而产生磁片坏轨或读写头毁损。所以在开机的状态下，千万不要移动硬碟或机箱，最好等待关机十几秒硬碟完全停转后再移动主机或重新启动电源，可避免电源因瞬间突波对硬碟造成伤害。
在硬碟的安装、拆卸过程中应多加小心，硬碟移动、运输时严禁碰撞，最好用泡沫或海绵包装保护一下，尽量减少震动。注意∶硬碟厂商所谓的“抗撞能力”或“防震系统”等，指在硬碟在未启动状态下的防震、抗撞能力，而非开机状态。
硬碟的制造和装配过程是在绝对无尘的环境下进行，一般用户不能自行拆开硬碟盖，否则空气中的灰尘进入硬碟内，高速低飞的磁头组件旋转带动的灰尘或污物都可能使磁头或盘片损坏，导致数据遗失，即使仍可继续使用，硬碟寿命也会大大缩短，甚至会使整块硬碟报废。
硬碟的工作状况与使用寿命与温度有很大的关系，硬碟使用中温度以 20～25℃ 为宜，温度过高或过低都会使晶体振荡器的时钟主频发生改变，还会造成硬碟电路元件失灵，磁介质也会因热胀效应而造成记录错误；温度过低，空气中的水分会被凝结在积体电路元件上，造成短路。
湿度过高时，电子元件表面可能会吸附一层水膜，氧化、腐蚀电子线路，以致接触不良，甚至短路，还会使磁介质的磁力发生变化，造成数据的读写错误。湿度过低，容易累积大量的因机器转动而产生的静电荷，这些静电会烧坏 CMOS 电路，吸附灰尘而损坏磁头、划伤磁片。机房内的湿度以 45～65% 为宜。另外，尽量不要使硬碟靠近强磁场，如音箱、喇叭等，以免硬碟所记录的数据因磁化而损坏。
定期整理硬碟可以提升速度，如果碎片累积过多不但读取效率下降，还可能损坏磁道。但也不要常常整理硬碟，这样也会有损硬碟寿命。
硬碟是电脑病毒攻击的重点目标，应注意利用最新的杀毒软件对病毒进行防范。要定期对硬碟进行扫毒与杀毒，并注意对重要的数据进行保护和经常性的备份。建议平时不要随便执行来历不明的应用程式和打开邮件附件，执行前一定要先检查是否内含病毒或木马。
在电脑维护时应以手抓住硬碟两侧，避免与其背面的电路板直接接触，务必要轻拿轻放，不要碰撞或与其他坚硬物体相撞；不能用手随便地触摸硬碟背面的电路板，因为手上可能会有静电，静电会伤害到硬碟上的电子元件，导致无法正常运作。还有切勿在带电时做插拔动作。
如果预算足够，磁碟阵列(Disk Array)是我们最建议的保护硬碟资料方式。为确保 24 小时不中断运作，硬碟损毁是最常遇到的阻拦者，选购合适的磁碟阵列系统，可以让硬碟损毁造成的影响降到最低，RAID 1 与 5 是常用的保护方式，不想因为硬碟损坏而停止运作的话，磁碟阵列是不可或缺的设备。
不要轻易进行硬碟的低阶格式化操作，以免对盘片性能带来不必要的影响。
它同样对盘片性能带来影响，在不重新分区的情况下，可采用加参数 “Q” 的快速格式化命令。
硬碟中如出现坏轨，即使是一个轨都可能具有扩散的破坏性，在保固期内应尽快找原购买商更换或维修，已过保固期则尽可能减少格式化硬碟，减少坏轨的扩散。
善用各类磁碟工具，如作业系统内建的清理磁碟等，定时清理自己的硬碟，如此可提升系统整体效能。
为以防万一，定期备份硬碟资料是必须的，尤其是作业系统、软件与设定档，更要定期备份。当遇到硬碟出状况，更换新的硬碟时才能再最短时间上线服务。
当压缩文件逐渐增大时，硬碟的读写数据将大大地减慢，如果硬碟的容量够用，没有必要再使用硬碟压缩技术。
蕴藏许多助人的知识与智能。